Перед Петербургом адмирал настаивал на введение тактических требований к механикам миноносцев об их бездымном плавании. “В настоящее время механики на тактические требования никакого внимания не обращают”, — отмечал он при очередном разборе (они проводились всегда с выслушиванием самооценок командующими своих действий) результатов решения поставленных тактических задач. Соблюдения бездымного плавания как одного из специфических свойств миноносцев, адмирал предлагал ввести в программы их официальных смотров. Важным было и наблюдение о демаскирующей роли буруна под носом, который выдает миноносец раньше, чем становится различимым его корпус.
При явной угрозе ночной атаки адмирал предлагал с наступлением темноты “или идти без огней большим ходом или остановить машину и спустить свое сетевое ограждение”. Этот последний способ, писал С.О. Макаров — "самый практичный” и сети, делал он вывод, необходимо иметь на всех больших кораблях. Но достойнейший из бюрократов и злостный эконом, кем в 1896–1903 гг. проявил себя Павел Петрович Тыртов предпочел и на этот раз обратиться к рекомендациям заграницы. В резолюции, адресованной ГМШ, адмирал написал: "В иностранных флотах, кажется, поговаривают о совершенном изъятии сетей из вооружения”, а потому следовало поручить военно-морским агентам сообщить, “что им известно по этому поводу и по получении этих сведений доложить”. Из-за этих сомнений и нежелания прислушаться к мнению С.О. Макарова, некоторые даже вновь построенные корабли (броненосец "Цесаревич”) не получили сетей вовсе, а категорическая необходимость их применения на Тихоокеанской эскадре осталась неосознанной. За это в первый же день войны с Японией пришлось заплатить до чрезвычайности дорогой ценой — повреждением трех кораблей, повлекшим длинную цепь неудач.
Но С.О. Макаров, собственным примером подтверждая свои же слова, сказанные о Нельсоне, что “истинную энергию убить трудно”, продолжал действовать с убежденностью настоящего патриота. Он умел стоически переносить все неудовольствия бюрократии и высших сфер, давно записавших его в "беспокойные” и “неудобные". Они были неспособны понять, что из почти 60 адмиралов, числившихся к тому времени в списках флота, Макаров был едва ли не единственным, кто имел право на звание флотоводца. И газета “Котлин” в своей корреспонденции с Транзундского рейда от 22 августа 1896 г. с полной справедливостью писала, что царившая здесь обстановка кипучей деятельности, широких и разнообразных учений напоминает “времена Бутаковской эскадры”. В действительности флот под командованием С.О. Макарова достиг, как это видно из опубликованных примеров (“Рассуждения по вопросам морской тактики”, М., 1943, с. 442–468) и рапортов (С.О. Макаров. Документы, М.,1960, т. 2 с. 233–344) качественно более высокого уровня подготовки. Этот новый уровень обеспечивался во многом благодаря новому роду боевых средств флота — миноносцам и минным крейсерам.
Минные крейсера, как корабли существенно более крупные, чем миноносцы (400 т против 120–150 т), выполняли не только весь комплекс миноносных обязанностей, ио также, как это предполагалось, служили лидерами в отрядах, “маткой” (такой термин уже существовал), для их снабжения и обеспечения, а также, ввиду ограниченного состава эскадры, и для обозначения линейного корабля или крейсера при маневрировании эскадры и учебных атаках миноносцев. Сверх того, они были, конечно, и кораблями разведчиками. дозорными и посыльными. Это позволяло в полной мере оценить возможности и области применения как имевшихся малых миноносцев, так и появившихся к тому времени “контрминоносцев" типа “Сокол”.
Бюрократия, инстинктивно боясь роста авторитета С.О. Макарова, искусственно ограничивала состав Практической эскадры, и тем мешала широкому восприятию флотом передовых новаторских идей адмирала, понижала общий уровень обучения кораблей искусству ведения морских сражений. Скорость, особо чувствительно подрывавшая общепринятый тогда режим экономии, не поощрялась. В состав эскадры умышленно включали тихоходные и устарелые корабли, и сверх того, предписывали адмиралу режим плавания только под половинным числом котлов. Это заставило его с первых шагов командования выступить с возражением против этой губительной для флота экономии. В рапорте начальнику Главного Морского штаба O.K. Кремеру от 5 апреля 1896 г. С.О. Макаров напоминал, что “практические плавания так коротки, если мы не будем требовать от наших машин большего хода, то во время кампании нам не удастся ни приобрести должных познаний по механической части, ни проверить исправность машин”.
Адмирал предлагал исключить из данной ему инструкции требование о плавания под половинным числом котлов и предоставить ему относительно скорости “полную свободу”. Судя по всему это требование удовлетворено не было. Ограничен был и состав минных сил, в которые входили устарелые миноносцы, из которых некоторые едва развивали 13-уз скорость. Это снижало интенсивность обучения, заставляло тратить время на ремонт этих уже явно ие боеспособных кораблей. Прибывший же из Англии “Сокол” в эскадру назначен не был. Бюрократия явно боялась признать первенство С.О. Макарова в разработке современной тактики, что должно было заставить дать адмиралу и более высокое назначение, чем сезонное командование слишком уж не современной Практической эскадрой на Балтике.
Какие эффектные атаки могли совершать миноносцы, когда половина из них, как удрученно докладывал адмирал, развивают едва 13-уз скорость. Не мог он проводить и широких маневров, которыми был занят Черноморский флот, состоявший из современных броненосцев. Не было возможности, как это регулярно происходило в Черном море, совершать дальние походы вдоль всего побережья, ие исключая и турецкое. Не могло состояться и интересных опытов по применению для целей наблюдения воздушных шаров и воздушных змеев (чем в 1902 г. занимался “Казарский”), групповых действий минных крейсеров во всех присущих им качествах крейсеров-разведчиков при эскадре, лидеров миноносных отрядов, кораблей охранения эскадры и при выполнении собственных минных атак.
В отличии от плававшего всего состава Черноморского флота (броненосцы “Три Святителя", “Двенадцать апостолов” и три корабля типа “Екатерина II”) С.О. Макаров в своей Практической эскадре имел лишь один современный броненосец (“Гангут”). Главные силы флота находились тогда в Черном море и на Дальнем Востоке, куда в силу активизирующейся политики направлялись из Балтики самые мощные и современные корабли. Этими двумя флотами командовали люди из придворной камарильи: в Черном море с 1898 г. — брат Управляющего морским министерством вице-адмирал С.П. Тыртов, в Тихом океане контр-адмирал Е.Н. Алексеев (в 1896–1897 гг.) и контр-адмирал Ф.В. Дубасов с 1897 по 1899 гг. И ие потому ли С.О. Макаров, не видя должного применения своим талантам, решился проявить себя инициативой постройки ледокола “Ермак", на что и был потрачен весь 1898 год. Приходилось скрепя сердце, уроки новой тактики отрабатывать на немногочисленной и устарелой Практической эскадре, в которой из полноценных минных кораблей имелся лишь один минный крейсер.
В 1897 г. им был “Воевода”, в 1898 г. “Абрек". Показательно, что в числе первых практических шагов были попытки ввести на кораблях, по примеру эскадры в Чифу в 1895 г. маскировочную окраску кораблей и те практические приемы, которые С.О. Макаров начинал разрабатывать тогда в эскадре. Эталоном окраски стал “Воевода”, о чем обстоятельно говорилось в докладных записках адмирала на имя Управляющего морским министерством 19 августа 1896 г. Адмирал считал, что накопленный опыт, начиная с окраски им своих минных катеров в 1877 г. в светло-серый цвет, и окраски приходившей в Россию французской эскадры в “бутылочный” цвет заставляет отказаться от принятого в русском флоте черного цвета и перейти на тот светло-серый, каким были окрашены корабли в Чифу. Этот вывод подтверждал и опыт окраски минного крейсера “Воевода” его командиром был капитаном 2 ранга И.К. Григорович (1853–1930, Ментон). Как видно из докладной записки, цвет окраски был подобен “бутылочной” французской, но с желтоватым оттенком, как делалось на эскадре вице-адмирала Н.И. Казиакова (1834–1906). Имелось ввиду, видимо, плавание в США в 1893 г. на торжество 400-летия открытия Америки.