“Всаднику” же, а затем и “Гайдамаку" было поручено прикрывать работы по дальнейшему минированию подходов к Талиенвану. Две из мин, всплывших с заграждения, погубившего “Боярин”, “Всадник” доставил в Порт-Артур. На берегу полиция занималась изъятием разных предметов быта, добытых китайцами на "Боярине”.
В начавшейся осадной страде минные крейсера, поступив в распоряжение адмирала Лощинского, обычно вместе с миноносцами продолжали прикрывать работу заградителя "Амур”. 5 февраля “Гайдамак" в Голубиной бухте прикрывал лодки “Бобр” и “Гиляк", занимавшиеся тралением со шлюпок. Он же с миноносцами “Сердитый" и “Смелый” сопровождал “Амур", вышедший на постанову мин в бухте Десяти кораблей (надо было не позволить японцам высаживать десант в тылу Кингжоуских позиций).
Привычными стали выходы минных крейсеров для поиска неприятельских блокадных сил в отряде канонерских лодок. Особенно представительный отряд вышел в море ночью 28 января. Его составляли крейсера “Баян”, “Аскольд”, "Диана”, “Боярин”, “Забияка”, два минных крейсера, отряд канлодок контр-адмирала Моласа и тринадцати миноносцев из состава обоих отрядов. По новому распределению сил в первые дни обороны “Всадник” и “Гайдамак” разделились: первый был причислен к Первому отряду миноносцев, второй вошел в состав Отряда подвижной обороны.
Вступление в командование флотом прибывшего 24 февраля в Порт-Артур вице-адмирала С.О. Макарова вернуло минные крейсера в состав активной части флота. Вместе с эскадрой они участвовали 27 февраля в выходе в море пяти броненосцев, четырех крейсеров и пяти миноносцев. Эти миноносцы и минные крейсера оказались пригодными к походу из всех имеющихся 24 миноносцев. В походе минные крейсера выполняли отведенную им роль эскадренных тральщиков. Как писал адмирал Е.И. Алексеев, он в этот день “упражнял командиров “Всадника” и “Гайдамака” как тралить идя впереди эскадры”. Корабли провели тщательное траление тралами Шульца по створу, по которому предстояло идти эскадре. Мин обнаружено не было, но этот первый опыт стал основанием для последующей организации в эскадре постоянных тральных сил.
9 марта, С.О. Макаров подняв флаг на крейсере “Аскольд” (туда же перешел и его штаб) вывел эскадру на внешний рейд, чтобы дать отпор появившемуся японскому флоту.
В роковой день 31 марта, когда С.О. Макаров ночью запретил открыть огонь по подозрительным кораблям на рейде, флот понес новые потери. Ночью, присоединившись к принятым за своих шести японским миноносцам погиб под их огием миноносец “Страшный".
За “Петропавловском" после перестроения шли "Полтава”, “Аскольд”, “Баян", “Пересвет”, "Победа", “Диана”, “Новик”. “Всадник” и “Гайдамак" шли на левом траверзе флагманского броненосца.
В 9 ч 39 мин, в расстоянии двух миль от маяка на Тигровом полуострове, ведя эскадру курсом SO 33° "Петропавловск” окутался клубами гигантской силы взрыва, гул которого напоминал приглушенный залп 12-дм орудий. С “Гайдамака”, шедшего в расстоянии около 1,5 каб. явственно видели страшную картину: столб дыма высотой в два раза выше броненосца. За первым взрывом, произошедшим между кат-балкой и носовой башней (с выбросом изнутри корпуса черного дыма), через 3–4 секунды последовал новый.
В 9 ч 41 мин на месте гибели корабля держалось лишь легкое бурое облако, в воде — отчаянно барахтающиеся и искавшие спасения люди. Преодолев оцепенение ужаса катастрофы, командир "Гайдамака" уже в момент погружения “Петропавловска" успел спустить шлюпки и подобрал 47 человек из числа спасшихся 73. Тотчас же подоспели шлюпки “Полтавы” и других кораблей. Подошли вернувшиеся миноносцы.
Из офицеров были спасены капитан 2 ранга великий князь Кирилл Владимирович (1876–1939, Париж), бывший в штабе начальником военно-морского отдела, командир броненосца капитан 1 ранга Н.М. Яковлев (1856-?), лейтенанты В.Д. Унковский (1884-?), Н.В. Иениш (1880–1966, Ницца), мичманы В.П. Шмидт (1884–1965, Нью-Йорк). Яковлев и Н.Г. Шлиппе (1882-?). Из воды подобрали пальто С.О. Макарова, но все ожидания на спасение адмирала не оправдались.
Не получили в то утро задание па траление “ Всадник” и “Гайдамак”. Теперь “Гайдамак” вместе с “Полтавой” оставаясь на месте гибели “Петропавловска" был занят поиском тел погибших. Сильнейшая зыбь мешала спасательным работам. Волной захлестнуло паровой катер “Полтавы”. Людей с него едва сумели подобрать. Некоторые спасенные умирали, не выдержав ран и переохлаждения. Только получив приказ младшего флагмана “Гайдамак” вернулся в гавань, сдав спасенных на плавучий госпиталь “Монголия”.
Спустя полчаса после гибели "Петропавловска” в тот же день 31 марта взрыв мины потряс броненосец "Победа”.
Пережившиеся в те дни людьми в Порт-Артуре трагические мгновения истории в своей книге “На войну” (С-Пб, 1905, с. 92) отобразил приехавший из России с поездом С.О. Макарова военный корреспондент Н. Кравченко. “В это время в Восточный бассейн медленно входил минный крейсер “Гайдамак”, а за ним в шлюпках и на катерах спасательная команда в своих желтых непромокаемых костюмах. Многие из них были совсем мокрые и стаскивали с себя свои полупрозрачные рубахи и уродливые шляпы. На “Гайдамаке” прежде всего бросалось в глаза висевшее на чем-то пальто с адмиральсними погонами. Это было пальто командира всего Тихоокеанского флота вице-адмирала Макарова. Здесь же были сложены многие предметы, всплывшие с затонувшего корабля. Все молча смотрели на “Гайдамак” и его печальный груз. Тихим голосом, как бы боясь громко сказанным словом оскорбить торжественность этих печальных часов, все присутствующие на пристани делятся своими впечатлением, предположениями"-писал он в своей книге.
Упорно держался слух, что адмирал будто бы спасен на “Гиляке”. Но все явственнее нарастало осознание надвигавшейся па флот и город огромной катастрофы. Наступал новый период обороны, требовавшей осмыслению всей тяжести случившегося несчастья.
Очевидной становилась встававшая во весь свой рост минная угроза. Она становилась явно ли не главным фактором войны. Приказом наместника от 16 апреля 1904 г. траление поручалось начальнику обороны рейда и входа в Порт-Артур, сами же работы возлагались на командира “Амура” капитана 2 ранга Ф.Н. Иванова 6-го. В его распоряжение передавались “Всадник”, “Гайдамак” и минные катера бездействовавшего из-за ремонта “Цесаревича”.
“Всадник” и “Гайдамак” были постоянно заняты тралением и конвоированием кораблей. Пока паровые катера тралили на предполагаемом месте гибели “Петропавловска” (несколько мин взорвались в тралах 14 апреля), “Всадник” и “Гайдамак” 18 апреля тралили фарватер по створу входа в гавань, но мин не обнаружили. Траление минными крейсерами возобновили 21 апреля, когда стало известно о начавшейся в Бицзыво — в 110 км от Порт-Артура, высадке их войск с огромной флотилии из 80 транспортов. Но флот этой высадке помещать не решался и о тралении вспомнили лишь с началом оборонительных боев на подступах к Порт-Артуру.
Очень подходящими, словно идеально созданными для роли тральщиков, оказались грунтовочные самоходные шаланды работавшие в Порт-Артуре и Дальнем. Эти безотказные, на удивление полезные корабли-труженики, по обычаям той псевдоаристократической эпохи, когда даже офицеров продолжали делить на “черную” и “белую кость”, пренебрежительно называли “грязнухи”. Теперь они становились спасительными для флота. “Всадник” и “Гайдамак” теперь все чаше переходили на роль конвойных кораблей. Упорно наращиваемая японцами минная война стала главным фактором обороны. Не стесняясь присутствием вблизи русской эскадры, применяя в массовом порядке заградители, миноносцы и катера с примитивными деревянными скатами, противник деятельно подбрасывал в окрестные бухты новые и новые партии мин.
11 мая при тралении взорвали 8 мин. “Амур”, охраняемый “Новиком”, “Всадником” и “Гайдамаком” в 6 милях от бухты Тахэ выставил свои давно подготовленные 50 мин. С падением позиций на Кинчжоуском перешейке перед флотом встала задача поддержки отступающих русских войск, которые не могли сдержать натиск японцев. Для прикрытия флангов своих войск 14 мая, когда был подожжен почти панически брошенный Дальний, “Амур” вышел в море для постановки еще 50 мин. Впереди его с тралами шли “Всадник” и “Гайдамак” в кильватере “Новик”.